Sôma Toru est un ancien membre des Steppenwolf, une équipe de quatre amis spécialisée dans le hack informatique qui utilise, pour ce faire, des machines de haute technologie.
Ces machines provoquent l'immersion des gens dans le tissu cybernétique, leur donnant à chacun une apparence de mécha en leur faisant vivre le danger en temps réel.
Un jour, ils tentent de pirater la base de données des Nations Unies, mais l'évènement tourne au drame, ils sont rapidement repérés et pris en chasse par les agents de surveillance du réseau, eux aussi sous l'apparence de mécha dans le tissu cybernétique, et leur chef, Nonomura Yuya, se fait tuer.
Dans leur repère, Sôma voit la tête de son compagnon et leader littéralement exploser. La police débarque et les met sous les verrous.
Sôma se retrouve dans le bâtiment principal du FLAK, une agence gouvernementale d'anti-hack destinée justement à protéger les Nations Unies. Il se voit contraint d'accepter de les aider pour conserver sa liberté, et intègre donc l'unité de défense.
Épris de vengeance envers celui ou ceux qui ont tué son ami, Sôma se retrouve dans un conflit cybernétique mêlant des terroristes qui veulent voler les informations des Nations Unies, l'armée qui tente de défendre et d'aider les Nations Unies, et les services de surveillance des Nations Unis eux-mêmes.
Seulement, au moment où l'on pense avoir défini les trois camps qui s'opposent, une sorte de virus fait son apparition et vient semer le trouble dans une bataille aux camps déjà mal définis.
